1、社保和户口及档案没有直接关系，不用考虑。
2、杭州社保转出相关政策如下：
基本养老保险个人帐户跨统筹机构转出
杭耽厂槽断噩登茶券偿猾州市劳动和社会保障局2010-02-01一、办理依据
《城镇企业职工基本养老保险关系转移接续暂行办法》（国办发〔2009〕66号）
《浙江省职工基本养老保险条例》
《中共杭州市委、杭州市人民政府关于印发<杭州市基本养老保障办法>的通知》（市委[2007]43号）
《市委办公厅、市政府办公厅关于印发杭州市基本养老保障办法实施细则的通知》（市委办[2008]6号）
二、办理条件
1、在杭州市区存在基本养老保险及个人账户关系；、
2、曾按“农民工双低”养老保险参保缴费的人员，要求按正常参保缴费标准转移的，应先行办理补足手续。
三、办理凭证
省内转移的：转入地社会保险经办机构开具的同意转移联系函、《职工养老保险手册》、本人身份证原件和复印件。
跨省转移的：由窗口工作人员出具参保缴费凭证。
四、受理部门
1、部省、市属参保单位由市社保局业务大厅企业保险窗口受理。
2、区属参保单位由所在区社险办受理。
五、受理时间
法定工作日。
六、办理结果
1、申报材料经审核通过，经办人当场受理，并告知前来领取个人帐户转移表的具体日期;申报材料经审核未通过，及时告知原因，并填写《社会保险业务受理单》。
2、每月12日前（含12日）申报的，在当月结算期内处理，12日后申报的，在次月结算期内予以处理。
你这个属于跨省转移了，要先在上海那边缴纳社保，然后到上海社保窗口，让工作人员出具参保缴费凭证就可以了。当然你在那里窗口具体咨询下会更好，办理时记得带上身份证。
