你的户口在上海，是不能在南京以个人身份参加社保的，只能回户口所在地（上海）参加
想在南京交社保，必须通过单位缴纳；
还有一个变通方法：如果你在南京有办理营业执照，也可以拿营业执照去经营注册地社保局申请自缴社保
以前在上海交的社保一直都有效，社保是按累计缴费年限来计算的
你的情况属于跨省（市）流动就业，可按如下办理（前提是你先在南京建立社保关系）
（一）符合转移条件的流动人员养老、医疗关系转移接续
1、开具参保缴费凭证。参保人员跨省、市流动前，用人单位或参保人员到原参保地社保经办机构申请开具养老、医疗保险参保缴费凭证，并按规定提供参保人员居民身份证等相关证明材料。
2、办理参保登记手续。参保人员跨省、市流动就业后，按规定在新就业地建立基本养老、医疗保险关系。
3、提出转移接续申请。新就业地的用人单位或参保人员向新就业地社保机构提出转移接续申请并出示原参保地开据的《参保缴费凭证》，填写《社会保险关系转移接续申请表》。
4、完成转移接续。新就业地社保机构受理《社会保险关系转移接续申请表》及相关资料并予以审核。符合转移条件的，生成《基本养老保险关系转移接续联系函》，并向参保人员原参保地社保机构发出。原参保地社保机构在收到《社会保险关系转移接续联系函》，核对有关信息并生成《基本养老保险关系转移接续信息表》；办理基金划转手续；将《基本养老保险关系转移接续信息表》传送给新就业地社保机构；终止参保人员在本地的基本养老保险关系。新就业地社保机构在收到《基本养老保险关系转移接续信息表》和转移基金后，核对《信息表》及转移基金额；将转移基金额按规定分别记入统筹基金和该参保人员个人账户；根据《信息表》及用人单位或参保人员提供的材料，补充完善相关信息，完成保险关系转移接续。
