工作单位总不及时上交社保，而是过后经过申请缓缴批准的，在批准缓缴期内补缴的，不会影响在上海落户积分的。如果未能申请缓缴批准的，会依据相关法规（《社会保险费征缴暂行条例》国务院令第259号）处罚或者交纳滞纳金后，再与交纳的也不会影响在上海落户积分的。
依据上海人力资源和社会保障局官网公布的文件：
一、《上海市社会保险费征缴实施办法》第十条（申请缓缴的条件）规定：
缴费单位有下列情形之一，不能按月足额缴纳社会保险费的，经职工代表大会或工会同意，可以向市劳动保障局申请缓缴社会保险费：
(一)经人民法院依法宣告进入破产程序的;
(二)停产、连续亏损一年以上，或者濒临破产的;
(三)市人民政府批准的其他情形。
二?、《上海市社会保险费征缴实施办法》第十一条（缓缴申请）规定：
缴费单位申请缓缴的，应当提供相应的财产权证（包括房地产权证、有价证券、股权凭证等，下同）。
对财产有独立处置权的缴费单位，可以申请缓缴；对财产无独立处置权的缴费单位，可以与对其财产有处置权的第三方共同申请缓缴。
三、《上海市社会保险费征缴实施办法》第十二条（缓缴期限）规定：
申请缓缴社会保险费的，申请缓缴方应当提出缓缴期限和缴费计划。
缓缴期限最长不超过一年。
四、依据《上海市城镇职工社会保险费征缴若干规定》第六条?：
缴费单位因经营状况等原因，确实不能按时足额缴纳社会保险费的，应当提供财务报表和其他证明材料，并由缴费单位和对其财产有处置权的机构提出缴费计划，以经评估和有关权证管理部门备案的财产权证，至市劳动和社会保障行政部门申请缓缴。有关权证管理部门应当及时办理缴费单位的财产备案。经市劳动和社会保障行政部门批准后，缴费单位可以缓期缴纳。缓缴期最长为一年。缓缴期间，缴费单位不得转移已备案的财产。备案的财产应当依法优先偿付欠缴的社会保险费。
缓缴期满，缴费单位仍未按缴费计划足额缴纳社会保险费的，或者在缓缴期间转移已备案财产的，市劳动和社会保障行政部门可以依法申请人民法院强制执行。
五、依据上海市政府公布《关于进一步推进本市户籍制度改革的若干意见》规定：
(三)缴纳职工社会保险费基数
持证人在上海市工作缴纳职工社会保险费基数指标最高分值100分。本项具体积分标准如下：
1.持证人最近连续3年在上海市缴纳职工社会保险费基数等于以及高于上海市上年度职工社会平均工资80%低于1倍的，积25分。
