1：建议在南京缴纳，因为你所在单位有义务给你缴纳社保。
2：至于你在上海缴纳的社保等可以转移。
办理社保关系转移（出）手续时须提供的资料及办理程序:
所需资料：
（1）携带养老保险手册和失业保险手册；
（2）携带调入地社保经办机构接收证明；
（3）本人身份证；
办理程序：
（1）携带以上资料在柜台打印参加基本养老保险《参加养老保险人员转移情况表》和《个人帐户明细单》；
（2）前往养老失业工伤基金中心财务办公室办理转移手续。服务承诺：养老保险关系转移服务承诺。对参保人员养老保险关系转移等，手续齐全即时办结。承办机构：养老、失业、工伤保险基金管理中心
办理社保关系转移（入）手续时须提供的资料及办理程序:
所需资料：
（1）单位证明或本人身份证及养老保险手册；
（2）转出地社保经办机构开具的，《参加养老保险人员转移表》和《个人帐户明细单》。
办理程序：
（1）前往我局养老、失业、工伤基金中心柜台办理参加基本养老保险关系转移接续手续；
（2）统筹地区以外的参保人员请携带以上资料前往服务大厅养老、失业、工伤基金中心财务办公室进行资金到帐确认后，到柜台办理转移手续；
（3）统筹地区以内的参保人员请携带以上资料前往服务大厅养老、失业、工伤基金中心柜台直接办理手续。承办机构：养老、失业、工伤保险基金管理中心
职工在市内变动工作单位时，只转移养老保险关系，不转移基金。
跨县区变动缴费单位后，需持转入地工作单位劳动合同，到转入地社会保险经办机构开具养老保险关系接收函，最后将转出地社会保险经办机构审核的养老保险手册、养老保险关系转移单、个人账户清单一并交转入地社会保险经办机构，再合并编号。
